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Openeye 软件平台

OpenEye 是款专注于先导化合物的发现和优化,为大规模的药物发现与分子模拟服务而设计的软件。

众所周知,分子相互作用本质上是形状和静电学的问题,OpenEye 擅长基于静电和形状相似性的筛选,这在药物发现与设计领域中是至关重要的。除此之外,OpenEye 也同样精通于分子对接及筛选、基于片段的药物设计、预测水分子对蛋白-配体结合作用影响以及预测药物构象自由能等应用。

 

 

 

同时,OpenEye 还提供软件开发工具包,用于创建自定义应用程序、脚本或 Web 服务,可以用 C++,Python,Java 和. Net 等多种编程语言进行操作。

OpenEye 兼顾计算速度与实用性,支持多 CPU/多核心计算,支持 Linux,Windows 与 Mac OS X 等多操作系统的使用。不管是家里还是实验室都可以用 OpenEye 来完成复杂的新药研发工作,最大化释放您的计算能力。

OpenEye组成

应用

用途

 

OMEGA

OMEGA 可以快速生成小分子三维构象,来组成可靠的多构象数据库。生成的多构象数据库可用于基于分子对接的虚拟筛选、基于三维形状相似性的虚拟筛选、以及基于药效团模型的虚拟筛选。

 

ROCS

ROCS 是款功能强大的虚拟筛选工具,通过形状比较筛选潜在的活性化合物。ROCS 适合于发现全新骨架先导花盒物、实现突破专利以及确立新的专利保护范围。另外 ROCS 还可以通过化合物叠合来做 3D-QSAR 研究、药效团识别、SAR 分析等实验。

 

OEDocking

OEDocking 是款强大的分子对接工具,往往应用于基于结构的药物设计研究。包含了利用蛋白信息进行分子对接的 FRED 模块,利用同一蛋白多个晶体结构信息来提高分子对接计算精度的 HYBRID 模块,以及专注于结合模式预测的 POSIT 模块。

 

EON

EON 是款静电比较工具,用于比较分子间的静电势图,并确定 Tanimoto 测值。EON 可以从分子数据库中筛选发现结构完全不同,但是形状与静电势相似的化合物,从而发现全新骨架的先导化合物。

 

SZYBKI

SZYBKI 是采用 MMFF94 力场进行化合物结构优化的软件,包括但不限于配体,蛋白质,以及在气相和溶剂相中的蛋白质-配体复合物优化。

 

SZMAP

SZMAP 是利用半连续溶剂化理论,通过自由能计算分析与理解水分子如何影响配体与受体的结合,并提供相应结构改造信息来帮助提高化合物结合亲合力。

 

QUACPAC

QUACPAC 是利用 MMFF94 与 AMBER 力场以及 AM1-BCC 等模型进行电荷计算,分析化合物的质子化状态以及化合物的多种互变异构体与蛋白的作用关系。

 

Filter

Filter 是款非常快速的分子过滤和选择的工具。通过物理性质计算和官能团判别来滤除成药性差的化合物,包括毒性官能团、共价结合官能团、口服生物利用度低等。

 

BROOD

BROOD 是基于片段的全新药物设计软件,可以针对选定的骨架或侧链片段生成全新的化合物。BROOD 可以用于先导物跃迁、侧链枚举、专利突破、片段连接、性质优化、扩大专利保护空间等多种方面的应用。

 

VIDA

VIDA 是分子可视化与模拟结果分享与交流工具,可以高效实现数据呈现、分析与分享,最终实现计算结果与科研人员的无障碍交流。

 

SITEHOPPER

SiteHopper 能快速比较蛋白质结合位点的细微差异,从而在基于结构的药物发现研究中起重要作用。只需几分钟就可以将待询蛋白质与包含数十万蛋白质结合位点的数据库进行比较,从而快速药物重定位、预测脱靶效应和药物设计等各种研究中发挥作用

 

FREEFORM

Freeform 能实现两个功能:计算自由配体的溶剂化能和计算溶液相构象到单一生物活性构象的自由能。

 

OpenEye Toolkits

分类

工具包

用途

Cheminformatics Toolkits

FastROCS TK

用于虚拟筛选、先导物优化及聚类分析过程中形状相似度的实时分析

Cheminformatics Toolkits

OEChem TK

结构文件的输入/输出及化学处理

Cheminformatics Toolkits

OEDepict TK

二维结构的生成和描述

Cheminformatics Toolkits

Grapheme™ TK

分子相互作用的可视化表达

Cheminformatics Toolkits

GraphSim TK

二维结构相似性测量

Cheminformatics Toolkits

Lexichem TK

化合物结构与名称的转化

Cheminformatics Toolkits

MolProp TK

化合物性质计算和过滤

Cheminformatics Toolkits

QUACPAC TK

互变异构体枚举和电荷分配分析

Cheminformatics Toolkits

MedChem TK

匹配分子对识别及其他片段化策略应用

Molecular Modeling Toolkits

OEChem TK

结构文件的输入/输出及化学处理

Molecular Modeling Toolkits

OEDocking TK

分子对接和打分

Molecular Modeling Toolkits

OMEGA TK

小分子构象生成

Molecular Modeling Toolkits

SHAPE TK

三维结构描述、优化和叠合

Molecular Modeling Toolkits

SPICOLI TK

三维结构表面生成

Molecular Modeling Toolkits

SPRUCE TK

蛋白质预处理和建模

Toolkits

SZYBKI TK

使用 MMFF94力场进行结构优化

Toolkits

SZMAP TK

分析结合位点中的水相互作用

Toolkits

ZAP TK

计算泊松-玻尔兹曼静电势

 

 

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