陶术生物药物设计教学课圆满结束！
2023年12月14-16日，以“药物设计的未来——启航“为主题的CADD培训课程在上海成功举办。
计算机辅助药物设计（Computer-aideddrugdesign,CADD）在新药发现领域发挥着至关重要的作用。CADD技术通过助力靶标预测、先导化合物的发现和优化、化合物亲和力和成药性预测等多方面，显著提升新药研发的效率和成功率，降低成本。特别是在人工智能技术的推动下，CADD取得了长足发展。
然而，非专业人士在应用CADD时常因缺乏系统的基础知识而遇到困难。针对这一问题，上海陶术生物科技有限公司联合复旦大学药学院的有关力量，开展了CADD培训课程，旨在帮助学员掌握CADD的基础知识和实用软件工具。课程通过实例教学和实践操作，全面提升了学员在药物研发领域的应用能力和理论水平。
在此次为期三天的课程中，展现了以下精彩报告。
王任小研究员：分子对接技术概论
王任小研究员以清晰的方式介绍了分子对接及其在药物发现中的应用，重点讲解了构象采样（posing）和打分评估（scoring）以及现有各类打分函数的优缺点。此外，王任小研究员还介绍了其团队开发的创新方法PLANET，一种可实现超大规模虚拟筛选的革命性新方法，该方法在虚拟筛选任务中的准确率与GLIDE方法相当，但速度快了 1000倍 以上！
李嫣副研究员：分子结构的预处理方法、分子对接和虚拟筛选
李嫣副研究员详细阐述了分子结构的预处理和分子对接流程，重点讲解了虚拟筛选的关键步骤和实用技巧，为学员提供了实际操作的指导。
重点报告内容包括：
1）不同分子结构的表示方法、储存方法，以及分子结构数据库。李老师着重强调了多种分子对接涉及软件的下载、安装、使用以及蛋白质结构预处理的注意事项。
2）分子对接的基本流程和常用软件操作。从分子对接受体模型的建立，受体结合位点的确定，到对接结果进行可视化分析等一一进行了实例讲解与练习，让学员全面了解分子对接。
3）虚拟筛选的基本流程和技巧。涵盖了虚拟筛选的基本流程，从靶标、配体信息收集，受体结构预处理，化合物预处理，模型验证等方面，通过实例操作让学员亲身体验虚拟筛选的过程。
戚逸飞副研究员深入讲解了蛋白-蛋白及蛋白-核酸分子对接的复杂计算过程，强调了高性能计算资源和专业软件工具在这一领域的重要性。
蛋白-蛋白对接和蛋白-核酸对接是复杂的计算过程，需要高性能计算资源和专业的软件工具。
目前，有许多可用于蛋白-蛋白和蛋白-核酸对接的计算软件，AutoDock，Vina，HADDOCK等。根据不同的研究问题和对接目标，研究者可以选择适合自己需求的软件工具进行模拟和计算。课上，戚老师带领大家使 AlphafoldMultimer 进行蛋白-蛋白复合物结构预测，使用 MOE,LightDock 等进行蛋白-核酸分子对接、蛋白-蛋白分子对接。
最后，陶术生物学术经理顾海峰分享了“基于 CADD 的药物发现方法与策略分享”的主题报告。顾老师聚焦于药物发现整体解决方案，强调了 CADD 在其中的作用，展示了虚拟筛选的成功案例和药物设计所需的重要数据库，为学员提供了宝贵的实践知识。
同时，感谢康昱盛科技提供的药物设计软件支持，帮助学员深入学习了靶标确证、活性筛选、结构修饰、ADMET 优化等方面。
本次培训吸引了高等院校、科研机构和医药企业从事新药研发相关行业的专业人员，以及 CADD/AIDD 领域的爱好者和初学者。学员们在课程中展现出浓厚的学习兴趣，积极与助教互动，对课程内容表达了高度赞赏。这次培训不仅增进了知识，还激发了对 CADD/AIDD 领域的进一步探索热情。学员们对下一次的培训充满期待！
