RNA Screening Subset by 2D Similarity Search
产品编号LF1151
RNA的主要功能是通过翻译过程生成蛋白质。已知有三种主要类型的RNA参与蛋白质合成:
信使RNA(mRNA):从DNA转录而来,包含制造蛋白质的遗传蓝图;
转运RNA(tRNA):将氨基酸运送至核糖体,并将mRNA翻译成蛋白质;
核糖体RNA(rRNA):形成核糖体,核糖体在蛋白质合成中至关重要,并将氨基酸连接起来形成编码的蛋白质。
非编码RNA(ncRNA)是一种不翻译成蛋白质的RNA分子。一些RNA还作为催化RNA(也称为核酶)驱动生化反应(如蛋白质合成、RNA剪接和RNA切割);它们可以与辅助蛋白质配对以完成其催化功能。其他RNA的作用包括RNA编辑、基因调控和RNA干扰。这些过程由一组小调控RNA执行,包括小核RNA、微RNA和小干扰RNA。
RNA也是病毒的主要遗传物质。虽然RNA主要以单链形式存在,但某些RNA病毒是双链的。
近期,已确立的基于RNA的分子靶点数量有所增加,其结构与功能关系的详细解析也已报道。多种小分子抑制剂已成功开发,针对各类RNA分子。研究表明,致癌性微小RNA在多种癌症的发生和进展中起着关键作用。此外,针对泛耐药细菌的治疗,基于RNA的新型药物发现策略正在被考虑。
基于2D相似性搜索筛选产生了超过22,300种类药筛选化合物。
规格
库设计:
最初,通过SMMRNA、PDB、RBIND、FDA、NALDB、PubChem和ChEMBL等数据库,筛选出约4000种已报道的能够与RNA结合的分子。随后,通过剔除解离常数(Kd > 10 μM)或抑制值(IC50等)低于或等于10 μM的化合物,将这一初始参考集缩小至约3200种。
接下来,针对Life Chemicals高通量化合物库进行了二维相似性搜索,通过将Tanimoto和Tversky指数分别设置为≥0.80和≥0.85,以关注高多样性。利用基于片段/化学哈希指纹来比较化合物的结构。为了进一步优化化合物选择,采取了多种措施,特别是去除被识别为PAINS的化合物、删除含有反应性基团的化合物,并应用内部开发的药物化学过滤器。最终,获得了超过40,000种已报道的RNA抑制剂的类似物。
随后,通过考虑化学多样性对文库进行了进一步优化。主要生化特性和物理化学描述符作为补充数据包含在文件中。最终,这一严格的筛选过程产生了超过22,300种类药筛选化合物。