RNA靶向库EN

Name: RNA靶向库EN
Brand: TargetMol
SKU: EN3900

EN RNA Library From Enamine

很棒

产品编号EN3900

过去十年，聚焦RNA的药物研发领域发生了巨大变革，已成为开发新一代药物、推动医疗进步的最激动人心的前沿方向。这一被称为“RNA复兴”的新阶段，得益于基因工程和基因组测序技术的最新进展。我们对发现针对难治性疾病和不可治愈疾病的高效药物，以及新型抗菌抗病毒药物寄予厚望。
RNA是一种多功能生物分子，能够传递信息、形成独特的三维结构，并对环境条件作出响应。这些生物结构可执行广泛的功能，从将遗传信息转化为细胞的分子机器和结构，到在发育、细胞分化、环境变化等过程中调控基因活性。
我们的研究重点聚焦于小分子与RNA二级结构、tRNA和mRNA三维折叠的三种主要相互作用类型（避免直接靶向RNA螺旋结构和嵌入结合），并对现有G-四链体和核糖开关结构进行了虚拟筛选。
https://enamine.net/compound-libraries/targeted-libraries/rna

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产品编号EN3900

RNA靶向库EN

规格

1 mg
100 μL x 10 mM (in DMSO)
250 μL x 10 mM (in DMSO)

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产品描述

库设计
G-四链体是由基因组中重复鸟嘌呤序列形成的高阶、四链结构。尽管DNA G-四链体比RNA四链体更为普遍，但RNA四链体在多种生物过程中仍然至关重要，如表现遗传调控、端粒维持、线粒体RNA表达等。我们分析了所有已报道的RNA G-四链体（G4s）结构，并基于RNA适体和h-MYC G4s的建模，创建了6个对接模型。
核糖开关是细菌mRNA的调控区段，由一个代谢物结合适体和一个表达平台组成。它们对多种过程至关重要：病毒基因的表达、基因调控功能、mRNA编码蛋白质的生产控制、催化反应、与其他RNA或调控大分子的结合等。鉴于其在哺乳动物细胞中不存在，核糖开关是发现新型抗菌药物的极具吸引力的靶点。我们创建并使用了超过20个对接模型，用于对以下核糖开关进行计算机虚拟筛选：2-脱氧鸟苷、c-di-AMP、c-di-GMP、I类PreQ1、FMN、带有G40A突变的glmS核酶、谷氨酰胺II、甘氨酸、鸟嘌呤、L-谷氨酰胺、赖氨酸、metY SAM V、preQ1 II类、PreQ1、PRPP、s-腺苷同型半胱氨酸、SMK盒（SAM-III）、THF、硫胺素盒、硫-M、ZTP核糖开关。
RNA剪接调控可能是真核生物药物发现中最具吸引力的方向。调控RNA剪接是癌症治疗和遗传疾病治疗最有效的方法之一。我们重点关注调控性mRNA、前体mRNA以及RNA剪接所需的激酶靶点，这些激酶包括富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子蛋白激酶（SRPKs）和CDC2样激酶（CLKs）。
基于结构的方法（分子对接）已被用作构建文库的主要技术。我们分析了所有可用的RNA G4s、核糖开关、mRNA以及SRPK和CLK激酶的PDB结构。选择了独特的“蛋白质-配体”复合物进行进一步分析和对接模型构建。以下PDB结构被用于G4s：6C63、6e81、6E81、6E8S、7oa3、8EYV；以及核糖开关：2hom、2miy、3b4b、3d0u、3e5e、3irw、3npn、3p49、3q50、3ski、4lvy、4nya、4nyb、4nyd、4qk8、4rzd、5c45、5ddq、6ck4、6fz0、6p2h、6qn3、6uc8、6uc9、6wzs。
药效团模型采用以下配色方案表示：红色球体代表氢键受体，蓝色代表氢键供体，橙色代表芳香基团，灰色球体代表任何其他原子类型，紫色代表混合受体/供体基团。RNA核碱基以绿色高亮显示，天然配体为黄色，对接的示例配体以灰色显示。

分子对接模拟的实例，以及使用药效团模型、G-四链体

示例1(PDB ID 5bjp, RNA 适配体).：潜在配体应包含两个芳香性特征，以便与G25、A24、G12和G22形成堆叠相互作用。此外，它还应能够与两个H₂O分子形成氢键相互作用。示例2(PDB ID 6c63)：该配体必须包含两个芳香基团，以便与G13、G18、A12和G29通过π-π堆积作用发生相互作用。此外，在口袋的另一部分，它只需填充由A23和G24形成的子口袋。

分子对接模拟示例，并使用药效团模型、核糖开关

示例1 (PDB ID 3e5e, SAM Riboswitch)：根据所使用的药效团模型，配体应包含芳香环部分，以便通过堆积作用与U37和G48相互作用；还需包含一个任意原子部分，用于填充U37后方的子口袋；以及三个氢键相互作用位点（两个氢键受体和一个氢键供体），用于与G7和A38相互作用。需特别注意的是，配体必须包含药效团模型中设定的三个氢键相互作用特征中的至少两个。示例2(PDB ID 3d0u, Lysine Riboswitch)：在该情况下，配体应包含一个字符串受体以模拟COOH赖氨酸基团，并在口袋的另一部分包含NH3基团，以与周围的核苷酸产生阳离子-π相互作用。

分子特征