DNA与RNA聚合酶筛选化合物库

Name: DNA与RNA聚合酶筛选化合物库
Brand: TargetMol
SKU: LF2700

DNA and RNA Polymerase Screening Libraries

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产品编号LF2700

聚合酶是对核酸聚合物合成至关重要的酶类。聚合酶参与DNA代谢过程，通过调控有丝分裂、损伤修复、转录及复制等多种生物进程发挥作用。因此，这类关键蛋白质家族可作为药物研发的重要靶点，用于治疗多种疾病（主要是细菌/病毒感染性疾病）以及各类癌症。例如DNA聚合酶和逆转录酶已成为抗病毒和抗肿瘤化学疗法的分子靶点。

基于上述研究背景，我们推出了专注于聚合酶研究的筛选化合物库，适用于现代药物研发项目：
• DNA与RNA聚合酶靶向化合物库——基于ChEMBL数据库相似性筛选
• DNA与RNA聚合酶靶向化合物库——涵盖15种聚合酶检测实验
• DNA聚合酶靶向化合物库

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产品编号LF2700

DNA与RNA聚合酶筛选化合物库

规格

30 μL x 10 mM (in DMSO)
50 μL x 10 mM (in DMSO)
100 μL x 10 mM (in DMSO)
250 μL x 10 mM (in DMSO)

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产品描述

DNA and RNA Polymerase Screening Libraries

图1. 与DNA和RNA聚合酶相关的疾病及这些酶的功能。

DNA和RNA聚合酶聚焦库——与ChEMBL数据库相似性分析
基于ChEMBL数据库中20,000个具有聚合酶靶点活性的参考化合物，通过二维指纹相似性搜索（塔尼莫托指数>85%），筛选出超过13,600个类药筛选化合物。

Replicase polyprotein 1ab
Bacterial 70S ribosome
Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
Dengue virus type 2 NS3 protein
DNA polymerase (alpha, beta, eta, iota, kappa)
DNA polymerase III
Genome polyprotein
Hepatitis C virus NS5B RNA-dependent RNA polymerase
Hepatitis C virus polyprotein

Human herpesvirus 5 DNA polymerase
Human herpesvirus 6 DNA polymerase
Human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase
Poly [ADP-ribose] polymerase (1-3,6,8,10-14)
Polymerase acidic protein
Polymerase basic protein 2
Tankyrase (1,2)
Taq polymerase 1
TCDD-inducible poly [ADP-ribose] polymerase

聚合酶靶向化合物库——基于15种聚合酶检测方法
该筛选库共收录超过15,600个结构多样的潜在聚合酶抑制剂分子。
我们首先根据专利与文献数据，针对15种聚合酶检测体系构建了包含4,567个生物活性化合物的参考集，靶向以下聚合酶：
• RNA聚合酶β亚基（EC 2.7.7.6）
• 核糖核酸酶HI（RNase HI）
• DNA聚合酶III全酶
• 麻疹病毒RNA依赖性RNA聚合酶
• 逆转录酶（HIV-1、HIV-2、西尼罗病毒NS2bNS3）
随后采用MDL分子指纹图谱和塔尼莫托相似度≥90%的标准，在内部数据库中筛选参考集聚合酶抑制剂的小分子类似物。最终化合物按其与参考集的相似度及预测聚合酶活性进行排序，活性最高的分子位列清单前端。

DNA聚合酶靶向化合物库
通过药效团假设驱动的筛选方法，我们的化学信息学团队已开发出包含600多种独特结构多样性筛选化合物的专属库，靶向以下DNA聚合酶相关靶点：
• 人源DNA聚合酶α（POLA1）
• 人类疱疹病毒1型（HHV1）DNA聚合酶

图2. 人类疱疹病毒DNA的复制由DNA聚合酶催化。所示化合物可通过作用于该病毒酶来抑制此过程。

人DNA聚合酶α催化亚基（POLA1）
人DNA聚合酶α催化亚基（POLA1）是一种在DNA复制过程中起关键作用的酶。它负责合成RNA-DNA引物，这些引物是启动DNA合成所必需的。POLA1属于DNA聚合酶家族，该家族成员参与DNA的复制、修复和重组。该蛋白通过防止DNA损伤发挥重要作用，其功能或合成异常可能导致先天性病变，如生长迟缓、小头畸形、性腺功能减退及癌症。POLA1还参与调控染色体端粒长度，从而延缓细胞过早衰老。进一步研究该酶在细胞进程中的作用，有望为多种疾病（尤其是癌症）提供新的治疗思路。

关键特征：
• 方法：高通量虚拟筛选（药效团假说）
• 使用的X射线数据：4Q5V
• 使用的筛选条件：QikProp特性与描述符
• 筛选化合物数量：326个

图3. 基于4Q5V的药效团假设及先导化合物示例

人疱疹病毒1型DNA聚合酶
人疱疹病毒1型（HHV-1）属于疱疹病毒科，可引发人类唇疱疹及其他感染。该病毒编码的DNA聚合酶催化亚基在病毒基因组复制中起关键作用，能在病毒基因组复制过程中催化核苷酸添加到延长的DNA链上，因此该酶的抑制剂可作为抗病毒药物。此外，HHV-1可能引发严重疾病（如单纯疱疹病毒性脑炎），并导致阿尔茨海默病生物标志物的产生与积累。其DNA聚合酶催化亚基还参与调控机体对病毒感染的免疫应答。对HHV-1 DNA聚合酶催化亚基的研究为揭示病毒复制及致病机制提供了重要依据，进一步探究该酶在病毒感染中的作用将有助于开发新型HHV-1治疗策略。

关键特征：
• 方法：高通量虚拟筛选（药效团假设）
• 使用的X射线数据：7LUF
• 筛选条件：QikProp性质与描述符
• 筛选化合物数量：302个