水通道蛋白化合物库

库设计
对接优化与计算
在分析了11个可用的X射线结构（1H6I、1IH5、2ZZ9、3GD8、4NEF、3D9S、5DYE等）后，选择了三种蛋白质结构（3D9S、1IH5、3GD8）。然而，已知开放/封闭状态的转变对一些突变极为敏感。该数据描述了位于通道内部的几个热点区域，这些区域在蛋白质结构优化的初步阶段被用于准备对接模型——当然，前提是这些残基参与相互作用，而非螺旋的刚性结构。此外，还使用FT-MAP服务器对每个单体的整个表面进行了探测，该服务器已被证明是一种非常准确可靠结合位点识别工具。它的原理是基于对小分子有机探针（溶剂、饱和与不饱和环等）与目标表面之间能量相互作用的评估。
水通道蛋白库的设计采用了两种不同的方法：柔性对接和高通量筛选。柔性对接方案假设AQ5/AQ4/AQ1蛋白两个空腔入口处的侧链具有部分自由的旋转运动。在四聚体结构的一个单元中，柔性区域覆盖了通道中心周围约5 Ų的面积。网格盒的中心（结合区域的确定）是基于上述残基突变研究和FT-MAP计算来选择的。为了扩展潜在结合位点的体积，从已发表的文献和ChemblDB数据库中公开的一组真实抑制剂，与已知能与靶标相互作用的化合物一起进行了对接（取自文献的AqB013、布美他尼、唑尼沙胺、阿比朵尔和乙酰唑胺，以及基于我们与院士合作选择的一些神经递质，如多巴胺、肾上腺素和血清素）。

通过这种方式，在结合位点中实现了更合适的门构象，这些优化后的结构被用于筛选程序，并采用了略微降低姿态估计和生成构象体数量的详尽参数。以下是针对AQ5模型进行对接的参数化简短示例。在构成过滤筛的约束条件中，需要提及的是通道内的疏水核心以及与一组氨基酸的部分匹配（对于AQ5位点2：ARG:188、ASN:120、GLY:181、A:HIS:173、VAL:119；对于AQ5位点1：GLN:81、HIE:67、PRO:62、SER:152、THR:150、THR:150、TYR:90、TYR:90）。所有约束条件均如图所示。那些具有疏水基团并满足另一条件（与列出的任一残基存在2-3个氢键相互作用）的化合物，进入了下一阶段更精确且更耗时的对接程序。这些化合物的评分是经验值、后处理计算的能量、空间效应和氢键影响的综合。评分越高，配体结合的可能性越大。

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。