Products for COVID-2019

截止4月中旬,全球累计确诊新冠肺炎病例已超过200万例,累计死亡近14万例,多个国家的医疗系统面临巨大考验,几近崩溃。为应对此次疫情,全球70多个国家参与了新冠相关药物和疫苗的研发,约两百项临床试验已投入开展,并且研究人员将通常需要数月时间完成的试验压缩为几周甚至数日,可谓凝聚了全人类的智慧与汗水。


对比旷日持久的全新药物设计和针对性单一的抗病毒疫苗,药物功能重定向(老药新用)策略既能显著缩短药物研发周期,又能应对多种病毒,是当下最经济最快速的选择。作为药物筛选领域的专家,陶素生化以高度的责任感和使命感,第一时间开展了针对病毒多个靶点的虚拟筛选工作,开发出了对抗新冠病毒肺炎的相关化合物库,助力新冠病毒药物研发和疫情防控工作。


The process of SARS-CoV-2 infection


虚拟筛选

第一轮使用 Surflex 模块进行筛选,为提高筛选效率,将 "Max conformations per Fragment" 从默认的20降为10,将 "Max number of rotatable bonds per molecule" 从默认的100降为50。取消 "Per-Dock Minimization" 和 "Post-Dock Minimization" 的选项。筛选出分子打分数值在top 500的小分子化合物。继续采用Surflex模块进行第二轮筛选,设置为默认参数,最终选取对接打分top 100用于人工筛选。


人工筛选

人工筛选的过程中,我们综合考虑了:是否可与靶标蛋白较强的相互作用方式,如氢键、静电吸引、疏水作用、π-π 堆积和阳离子-π 键相互作用等;是否靶中的小分子化合物的结构有足够的刚性(尤其是蛋白-蛋白互作的 RBD-ACE2 体系),即控制可旋转键的数量。


SARS-CoV-2相关化合物库


SARS-CoV-2相关产品

在上述虚拟筛选结果的基础上,结合近期的临床报道,我们还获得了一些有价值的SARS-CoV-2潜在药物。

Compound Information Condition
Darunavir Darunavir is an HIV protease inhibitor that is used in the treatment of AIDS and HIV infections. FDA Approved
Remdesivir Remdesivir is a nucleoside analogue, with effective antiviral activity (EC50 of 74 nM for SARS-CoV and MERS-CoV in HAE cells) Clinical
Camostat mesilate Camostat is a trypsin-like protease inhibitor and inhibits airway epithelial sodium channel (ENaC) function. Approved/Preclinical
Baricitinib Baricitinib is an orally bioavailable inhibitor of Janus kinases 1 and 2 (JAK1/2), with potential anti-inflammatory, immunomodulating and antineoplastic activities. FDA Approved
Favipiravir Favipiravir (T-705), an effective and selective RNA-dependent RNA polymerase inhibitor, are applied to treat influenza virus infections. Approved/Clinical
Ribavirin Ribavirin is a synthetic nucleoside analog of ribofuranose with activity against hepatitis C virus and other RNA viruses. FDA Approved
Chloroquine diphosphate Chloroquine is an aminoquinoline antimalarial and also is widely used as an autophagy inhibitor. Chloroquine also is an inhibitor of toll-like receptors (TLRs). FDA Approved
Nitazoxanide Nitazoxanide is a synthetic benzamide with antiprotozoal activity. Nitazoxanide exerts its antiprotozoal activity by interfering with the pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase dependent electron transfer reaction. FDA Approved

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